
Là nội dung mà nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp mới thành lập, quan tâm trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế. Phương pháp khấu trừ được áp dụng đối với cơ sở kinh doanh có doanh thu từ 01 tỷ đồng/năm trở lên hoặc những đơn vị tự nguyện đăng ký, đáp ứng điều kiện về chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ. Khi thực hiện kê khai, doanh nghiệp sử dụng tờ khai thuế GTGT mẫu 01/GTGT ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC, trong đó phản ánh đầy đủ doanh thu chịu thuế, thuế GTGT đầu ra và số thuế được khấu trừ từ hóa đơn đầu vào hợp pháp.

Việc lập tờ khai yêu cầu kế toán viên phải kiểm tra kỹ chứng từ, đối chiếu số liệu sổ sách nhằm đảm bảo tính chính xác, minh bạch. Ngoài ra, thời hạn nộp tờ khai cũng rất quan trọng: nộp theo tháng chậm nhất ngày 20 của tháng sau, nộp theo quý chậm nhất ngày cuối cùng của tháng đầu quý sau. Do đó, nắm vững hướng dẫn kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ giúp doanh nghiệp vừa tuân thủ pháp luật, vừa tận dụng tối đa quyền khấu trừ thuế để tối ưu chi phí.
Phương pháp khấu trừ thuế GTGT hiện nay áp dụng cho 2 nhóm đối tượng chính:
Doanh nghiệp thuộc diện phải kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ.
Doanh nghiệp, tổ chức tự nguyện đăng ký áp dụng phương pháp này.
Theo Khoản 2, Điều 11 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (có hiệu lực từ ngày 01/7/2025), phương pháp khấu trừ được áp dụng cho cơ sở kinh doanh đáp ứng đầy đủ quy định về chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ, cụ thể:
Doanh nghiệp có doanh thu hằng năm từ 1 tỷ đồng trở lên từ hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ (không áp dụng cho hộ, cá nhân kinh doanh).
Doanh nghiệp đăng ký tự nguyện, nếu đủ điều kiện.
Tổ chức/cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho hoạt động dầu khí, được phía Việt Nam kê khai và nộp thay theo phương pháp khấu trừ.
Chính phủ quy định rõ hơn các trường hợp thuộc diện khấu trừ thuế, bao gồm:
Doanh nghiệp có doanh thu ≥ 1 tỷ đồng/năm. Doanh thu được xác định theo tờ khai GTGT tháng hoặc quý của kỳ trước liền kề. Nếu doanh nghiệp mới thành lập chưa đủ 12 tháng thì tính doanh thu ước tính bình quân năm. Thời gian áp dụng phương pháp ổn định trong 2 năm liên tục.
Cơ sở kinh doanh tự nguyện đăng ký: gồm doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu dưới 1 tỷ nhưng có sổ sách kế toán đầy đủ; doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư; đơn vị có đầu tư tài sản cố định, máy móc thiết bị, địa điểm kinh doanh; hoặc tổ chức kinh tế khác có khả năng hạch toán được thuế GTGT đầu vào – đầu ra.
Tổ chức, cá nhân nước ngoài tham gia cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí tại Việt Nam.
Chi nhánh của doanh nghiệp đang áp dụng phương pháp khấu trừ, nếu khai thuế riêng thì cũng tiếp tục tính thuế theo phương pháp này.
Căn cứ Điều 44 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế GTGT được quy định như sau:
Thời hạn chót: ngày 20 của tháng liền kề sau tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
Ví dụ: Tờ khai thuế GTGT tháng 9/2025 phải nộp trước ngày 20/10/2025.
Thời hạn chót: ngày cuối cùng của tháng đầu tiên trong quý tiếp theo quý phát sinh nghĩa vụ thuế.
Ví dụ: Tờ khai thuế GTGT Quý 3/2025 phải nộp trước ngày 31/10/2025.
Doanh nghiệp cần theo dõi sát hạn nộp để tránh bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế do nộp chậm.
Việc tuân thủ hạn nộp tờ khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ là nghĩa vụ quan trọng của mỗi doanh nghiệp nhằm đảm bảo đúng quy định pháp luật, tránh bị xử phạt chậm nộp hoặc phát sinh rủi ro thuế. Thông qua hướng dẫn kê khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, kế toán có thể nắm rõ thời hạn theo tháng hoặc theo quý, từ đó chủ động sắp xếp công việc và thực hiện nghĩa vụ thuế một cách chuẩn xác. Đối với những cá nhân mới bắt đầu tìm hiểu kế toán, việc tham gia học kế toán cho người chưa biết gì là bước đi cần thiết để hiểu rõ bản chất các nghiệp vụ và cách lập tờ khai đúng chuẩn. Bên cạnh đó, doanh nghiệp hoàn toàn có thể lựa chọn dịch vụ kế toán trọn gói của Kế Toán Minh Việt để được hỗ trợ toàn diện từ kê khai, lập báo cáo, cho đến quyết toán thuế, giúp tiết kiệm thời gian, chi phí và hạn chế tối đa sai sót.